Το Τμήμα Ιστορίας και Φιλοσοφίας της Επιστήμης, εκτός από Προπτυχιακές Σπουδές παρέχει επτά Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών:

Ένα στην Ιστορία & Φιλοσοφία της Επιστήμης και της Τεχνολογίας, ένα στη Γνωσιακή Επιστήμη, ένα στις Σπουδές Επιστήμης-Τεχνολογίας, ένα στη Διδακτική και Μεθοδολογία των Μαθηματικών και ένα στη Λογική.

Επίσης παρέχει και δύο αγγλόφωνα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών: Το M.A. Contemporary Philosophy / Philosophy of Science και το The Athens M.A. in Ancient Philosophy. 

Τέλος παρέχει και Πρόγραμμα Διδακτορικών Σπουδών.