Το Τμήμα συμμετέχει στη λειτουργία εννέα Προγραμμάτων Μεταπτυχιακών Σπουδών, υποστηρίζοντας διοικητικά έξι από αυτά. Το Τμήμα επίσης προσφέρει Πρόγραμμα Διδακτορικών Σπουδών.

• Ιστορία και Φιλοσοφία της Επιστήμης και της Τεχνολογίας

• Science, Technology, Society - Science and Technology Studies (STS, στην Αγγλική γλώσσα)

• Γνωσιακή Επιστήμη

• Ψηφιακές Ανθρωπιστικές Επιστήμες

• Διδακτική και Μεθοδολογία των Μαθηματικών

• Logic (στην Αγγλική Γλώσσα)

• M.A. Contemporary Philosophy / Philosophy of Science (στην Αγγλική γλώσσα)

• The Athens M.A. in Ancient Philosophy (στην Αγγλική γλώσσα)

• MA in Greek and Chinese Civilizations: A comparative approach (στην Αγγλική γλώσσα)

• Παρουσίαση των χώρων του ΙΦΕ (βίντεο)