Το Τμήμα Ιστορίας και Φιλοσοφίας της Επιστήμης ιδρύθηκε το 1993 (ΦΕΚ) και άρχισε να λειτουργεί κατά το ακαδημαϊκό έτος 1993-1994 με την εισαγωγή των πρώτων φοιτητών του. Το Τμήμα ιδρύθηκε με την ονομασία "Τμήμα Μεθοδολογίας, Ιστορίας και Θεωρίας της Επιστήμης". Το έτος 2017 το όνομα του Τμήματος άλλαξε και πλέον ονομάζεται "Τμήμα Ιστορίας και Φιλοσοφίας της Επιστήμης" (ΦΕΚ).