Το Τμήμα Μεθοδολογίας, Ιστορίας και Θεωρίας της Επιστήμης (Μ.Ι.Θ.Ε.) ιδρύθηκε το 1993 και άρχισε να λειτουργεί κατά το ακαδημαϊκό έτος 1994-1995 με την εισαγωγή των πρώτων φοιτητών του.
Το Τμήμα Μ.Ι.Θ.Ε. έχει ως αντικείμενο τη φιλοσοφία και ιστορία των επιστημών. Ειδικότερα μελετά τις επιστήμες από όλες τις δυνατές πλευρές: τα φιλοσοφικά τους προβλήματα, τη μεθοδολογία τους, τη διαχρονική-ιστορική τους διάσταση και τη σχέση τους με άλλα πολιτιστικά και κοινωνικά φαινόμενα. Ένα σημαντικό αντικείμενο μελέτης του Τμήματος Μ.Ι.Θ.Ε. είναι το ίδιο το Πανεπιστήμιο, η ιστορική του πορεία, οι ακαδημαϊκές του παραδόσεις, ο τρόπος οργάνωσης και διοίκησής του. Το Τμήμα Μ.Ι.Θ.Ε. είναι το πρώτο του είδους του που ιδρύεται στην Ελλάδα (παρόμοια Τμήματα υπάρχουν στα μεγαλύτερα Πανεπιστήμια του εξωτερικού).
Οι φοιτήτριες και οι φοιτητές του τμήματος εκπαιδεύονται στην κριτική κατανόηση της επιστήμης και της τεχνολογίας, συνδυάζοντας την εξοικείωση με κρίσιμες επιστημονικές περιοχές (από τα μαθηματικά μέχρι τα οικονομικά και από τη βιολογία μέχρι το δίκαιο) με την εμβάθυνση σε προσεγγίσεις των ίδιων περιοχών από τη σκοπιά της φιλοσοφίας και της ιστορίας της επιστήμης, της ιστορίας της τεχνολογίας, αλλά και της φιλοσοφίας της γνώσης και της φιλοσοφίας γενικότερα.
Ο τρόπος με τον οποίο μια κοινωνία κατανοεί την επιστήμη και την τεχνολογία, διαχειρίζεται τη γνώση και προχωρεί στην επιλογή επιστημονικής και τεχνολογικής πολιτικής καθορίζει ολοένα και πιο αποφασιστικά την ποιότητα ζωής των πολιτών της. Οι απόφοιτοι του τμήματος είναι προετοιμασμένοι να συμβάλουν στη γενικότερη διαμόρφωση μιας παιδείας που ενθαρρύνει την κριτική κατανόηση της επιστήμης και της τεχνολογίας μέσα από την στελέχωση (δημόσιων και ιδιωτικών) εκπαιδευτικών και ερευνητικών θεσμών και υπηρεσιών (πανεπιστήμια, εργαστήρια, αρχεία, βιβλιοθήκες, μουσεία, κτλ), θεσμών διαμόρφωσης της κοινής γνώμης (εκδοτικοί οίκοι, εφημερίδες, κτλ), θεσμών διαμόρφωσης επιστημονικής και τεχνολογικής πολιτικής (σε κρατικές, επιχειρηματικές, αυτοδιοικητικές, ρυθμιστικές αρχές, καθώς και στην Ευρωπαϊκή Ένωση, κτλ). Από τον Φεβρουάριο του 2009 οι απόφοιτοι του Τμήματος συμμετέχουν στις εξετάσεις του ΑΣΕΠ για την πρόσληψη εκπαιδευτικών στη μέση εκπαίδευση (ΠΕ 33). Για την πορεία των αποφοίτων του ΜΙΘΕ βλ. εδώ.
Το Τμήμα Μ.Ι.Θ.Ε. (και ιδιαίτερα το μεταπτυχιακό του πρόγραμμα στην Ιστορία και Φιλοσοφία της Επιστήμης και της Τεχνολογίας) θεωρείται ένα από τα σημαντικότερα τμήματα φιλοσοφίας και ιστορίας της επιστήμης παγκοσμίως (12ο μεταξύ 91 τμημάτων σε διεθνή κατάταξη).

Το περιοδικό ΝΕΥΣΙΣ που εκδίδεται από το 1994 από τις Εκδόσεις Νεφέλη και διευθύνεται από μέλη του Τμήματος περιλαμβάνεται στον κατάλογο των περιοδικών Ιστορίας και Φιλοσοφίας της Επιστήμης που δημοσιεύει το European Science Foundation και μάλιστα είναι το μόνο ελληνικό περιοδικό που περιλαμβάνεται στους καταλόγους των περιοδικών των ανθρωπιστικών σπουδών (Φιλοσοφία, Ιστορία και Φιλοσοφία της Επιστήμης) που δημοσίευσε για το έτος 2007 το εν λόγω ίδρυμα.
Τα μέλη του τμήματος (διδάσκοντες, φοιτητές, απόφοιτοι) συμμετέχουν ενεργά σε διεθνείς επιστημονικές κοινότητες όπως: Philosophy of Science Association, History of Science Society, Society for the History of Technology, Society for the Social Studies of Science, International Association of Applied Psychology, European Society for Analytical Philosophy, European Association of Law & Economics, Society of European Contract Law.

